Installer les packages R manquants lors de l'exécution en mode bash

Fréquemment, je cours des scripts R en mode bash. Mon script s'appelle 981_conduct_regression.R . Dans ce script, j'appelle les packages requirejs avec

 if(!require(<package>)){ install.packages("<package>") library(<package>) } 

Maintenant, quand j'appelle le script depuis le mode bash (sur Ubuntu 14.04), le script (montré ci-dessous) ne parvient pas à installer les packages:

 Loading required package: gridExtra Installing package into '/home/michael/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1' (as 'lib' is unspecified) Error in consortingb.url(repos, type) : trying to use CRAN without setting a mirror Calls: source ... eval -> eval -> install.packages -> grep -> consortingb.url In addition: Warning message: In library(package, lib.loc = lib.loc, character.only = TRUE, logical.return = TRUE, : there is no package called 'gridExtra' Execution halted 

Que dois-je changer pour que mon idée fonctionne?

Edit : Voici le file .sh :

 #!/bin/bash Rscript Code/981_conduct_regression.R 

Vous devez spécifier votre miroir CRAN; interactivement dans R, courir

 chooseCRANmirror() 

choisir un miroir approprié, puis

 options("repos") 

pour voir l'URL résultante. Vous pouvez l'append définitivement à votre configuration dans ~/.Rprofile :

 local({r <- getOption("repos") r["CRAN"] <- "<URL from above goes here>" options(repos=r) })