Comment installer R 3.3.1 dans mon propre directory

Ceci est une question assez double (voir Comment configurer PATH pour R installé dans mon directory ) mais j'ai rencontré un nouveau problème avec la nouvelle version de R.

J'essayais d'installer une nouvelle version de R (R 3.3.1) dans mon propre directory. J'ai suivi mon stream d'installation précédent

Mais j'ai rencontré un problème que je n'avais pas avant.

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 ....... checking for zlib.h... yes checking if zlib version >= 1.2.5... no checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required 

il semble que la version de zlib soit trop basse, alors j'ai installé la version actuelle de zlib

 tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11 make && make install 

puis j'ai essayé de faire la configuration pour R à nouveau comme:

 ./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include" 

j'ai toujours eu la même erreur:

 checking if zlib version >= 1.2.5... no checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required 

Puis j'ai remarqué que quelqu'un contournait le problème en modifiant le file de configuration de R
J'ai suivi cet exemple, résolu l'erreur zlib. mais d'autres erreurs s'ensuivirent. Pour résumer, j'ai installé d'autres bibliothèques dépendantes

 tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11 make && make install tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so make clean # modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2] make make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6 tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz cd /root/xz-5.2.3 ./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3 make -j3 make install tar zxvf pcre-8.40.tar.gz cd /root/pcre-8.40 ./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8 make -j3 && make install tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz cd /root/curl-7.52.1 ./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 make && make install ./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include" 

Le configure a semblé fonctionner:

 R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu Source directory: . Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1 C comstackr: gcc -std=gnu99 -g -O2 Fortran 77 comstackr: gfortran -g -O2 C++ comstackr: g++ -g -O2 C++11 comstackr: g++ -std=c++0x -g -O2 Fortran 90/95 comstackr: gfortran -g -O2 Obj-C comstackr: Interfaces supported: X11, tcltk External libraries: readline, curl Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling Capabilities skipped: TIFF Options not enabled: memory profiling Recommended packages: yes 

mais quand j'appelle

 make && make install 

encore "faire" ne pouvait pas le faire jusqu'à la fin:

 ... gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas /usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link) /usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link) ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_ssortingng@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_comstack' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study' ../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version' ../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0' collect2: error: ld returned 1 exit status ... make: *** [R] Error 1 

Quelqu'un a une idée pour résoudre le problème, s'il vous plaît veuillez me le faire savoir.

TKS beaucoup d'avance!

Suivi: Basé sur la suggestion de thrig, j'ai ajouté les lignes ci-dessous à mon file .cshrc

 setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib 

et

 source .cshrc 

problème résolu! Merci!

C'est la solution au problème mentionné ci-dessus

Suivez l' exemple pour modifier le file de configuration de R Ensuite:

 tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz cd zlib-1.2.11 ./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11 make && make install tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz cd bzip2-1.0.6 make -f Makefile-libbz2_so make clean 

modifier le Makefile (original: CC = gcc après modification: CC = gcc -fPIC) comme suggéré ici

 make make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6 tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz cd /root/xz-5.2.3 ./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3 make -j3 make install tar zxvf pcre-8.40.tar.gz cd /root/pcre-8.40 ./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8 make -j3 && make install tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz cd /root/curl-7.52.1 ./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 make && make install ./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include" 

Ajoutez les lignes ci-dessous à mon file .cshrc

 setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib 

et

 source .cshrc 

Maintenant, allez dans le directory R-3.3.1:

 make && make install 

ça devrait marcher.