comment imprimer si une ligne contient un motif spécifique et ne pas imprimer si elle ne contient pas le motif

Avec GNU sed (standard sur le système Linux), vous pouvez get la ligne d'en-tête (contenant un V n'importe où dessus) et la première ligne de la séquence à partir d'un file fasta comme celui-ci:

 sed -n '/^>.*V/,+1p' sequence.fa 

Cela suppose que le file fasta est correctement formaté.

Le -n désactive la sortie par défaut et /^>.*V/,+1p imprime toute ligne d'en-tête avec un V , ainsi que la ligne immédiatement suivante.

Je veux imprimer toutes les lignes commençant par le signe ">" et la ligne suivante, mais il y a une condition: la ligne commençant par ">" doit contenir la lettre V.

Ce grep semble fonctionner:

 grep -A 1 '^">.*V' 

Exemple:

 grep -A 1 '^">.*V' file ">0VC3_7 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:15805:1805 1:N:0:0 TCATGAAGAACTCCGATCGCGAAGGCAAGTGTCCGGGGTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAA ">11VI2_15 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:17657:1817 1:N:0:0 GCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGGCTC 

Tu as dit:

Je veux imprimer toutes les lignes commençant par ">" signe et la ligne suivante mais il y a une condition la ligne commençant par ">" devrait contenir la lettre V

C'est un bon travail pour awk:

 $ awk '/^">.*V/{print $0;getline line; print line}' input.txt ">0VC3_7 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:15805:1805 1:N:0:0 TCATGAAGAACTCCGATCGCGAAGGCAAGTGTCCGGGGTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAA ">11VI2_15 M01230:42:000000000-AWMRD:1:1101:17657:1817 1:N:0:0 GCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGGCTC